No siempre han existido los seminarios, estos comenzaron a existir cuano el Concilio de Trento (1545-1563) terminó su institución el 16 de julio de 1563, antes los aspirantes al sacerdocio se formaban bajo la dirección de un sacerdote ejemplar, el cual los enviaba a realizar sus estudios en escuelas parroquiales o en universidades y posteriormente eran presentaos al obispo para ser ordenados sacerdotes.
El papa beato Pío IX, el 26 de enero de 1863, firmó la Bula Pontificia titulada: 'Deo Optimo Máximo', con la que creaba la nueva Diócesis de Querétaro. Y junto con ello previó la fundación del Seminario; sin embargo, la aguda situación política que vivía nuestra patria, imposibilitó la radicalizacón de Don Bernaro Gárate en Querétaro, y el Obispo de León José de Jesús Diez Sollano y Dávalos ejecutó en toas sus partes la Bula con la que fundó la Diócesis el 7 de febrero de 1864.
El Seminario era una parte importante de la Bula, pero no se ejecutó esta parte, ya que el edificio dispuesto para ello, que era el Colegio de san Ignacio y san Francisco Javier, había sido ocupado por el gobierno, además Don Bernaro Gárate no había dispuesto a nadie para que estuviese al frente del mismo.
Aquí resalta la figura del Sr. Pbro. Manuel Castro y Castro, quien era maestro de dogmática en el Colegio de San Ignacio y San Francisco Javier, pero que no pudo continuar con sus clases, ya que el colegio fue tomado por el gobierno y secularizado. El señor obispo Don Bernaro Gárate lo nombra primer rector del Seminario y lo dispone para preparar la funación de éste.
El lugar elegido para ser la primera casa del Seminario fue el anexo del Templo de San Antonio, y así el 2 de marzo de 1865 fue inaugurado el Seminario Diocesano de Querétaro bajo la guía del Excmo. Sr. Bernaro Gárate y el Pbro. Manuel Castro y Castro con el nombre de Seminario Tridentino de Nuestra Señora de Guadalupe de Querétaro.
Al paso de los años, el Seminario de Querétaro ha servido al pueblo de Dios, formando a sus pastores ininterrumpidamente, a pesar de la inestable situación nacional y por las dificultaes materiales de infraestructura, debiendo el Seminario peregrinar por varias casas y anexos de los templos y oratorios, pasando por la clandestinidad en tiempos de la persecución religiosa de 1914 a 1919 y de 1926 a 1929.
Nuestro Seminario Conciliar de Querétaro está ubicado actualmente en Avenida Hércules 216 poniente, siendo el predio que ocupaba la antigua fábrica “La Purísima” y luego fábrica de jabón “Lourdes”. De 1962 a 1966 se hizo la adaptación del eificio antiguo de la fábrica. Se construyeron los edificios para dormitorios y salones, además el edificio de cocina y comedor, habilitando también áreas deportivas.
Finalmente, ahora el Seminario da respuesta a las interrogantes del hombre actual, actualizando los planes de estudio, y teniendo una formación más íntegra, que permita a los futuros pastores enfrentar los retos del ministerio sacerdotal.